三千院は妙法院（京都市東山区東山七条）、青蓮院(しょうれんいん)（京都市東山区粟田口）、曼殊院(まんしゅいん)（京都市左京区一乗寺）、毘沙門堂(びしゃもんどう)（京都市山科区安朱）とともに天台宗五ヶ室門跡のひとつとして歴代の天台座主を輩出してきた寺院。門跡寺院というのは、門主（住職）が皇室或いは摂関家によって受け継がれてきたお寺のこと。
西国薬師四十九霊場第４５番札所、近畿三十六不動尊霊場第１６番札所、神仏霊場京都２６番。

三千院は、また梶井門跡と呼ばれ、古くは東坂本に里坊があったが、中世以降、大原魚山の来迎院、勝林院、往生極楽院などの寺々を管理するために大原に政所を設けたのが前身である。明治になって、梶井御殿内の持仏堂に掲げられていた霊元天皇宸筆の勅額により、三千院と公称されるようになった。

（左上）客殿　平安時代、龍禅院(りゅうぜんいん)とも呼ばれ、大原寺(たいげんじ)の政所であった。豊臣秀吉が禁裏修復の余材をもって修築した。
（右上）宸殿(しんでん)　後白河法皇により始められた宮中御懺法講(きゅうちゅうおせんほうこう)（声明(しょうみょう)による法要）を今に伝える道場。ご本尊は傳教大師(でんぎょうだいし)作と伝えられる秘仏・薬師瑠璃光如来。また西の間は歴代住職（法親王）をお祀りする内仏で、東の間には玉座を設え、襖には下村観山筆の虹が描かれ、虹の間とも呼ばれている。

（上）聚碧園(しゅうへきえん)　客殿側の池泉観賞式庭園で江戸時代の茶人・金森宗和(かなもりそうわ)の修築と伝えられる。

（左上）往生極楽院(おうじょうごくらくいん)　９８６年『往生要集(おうじょうようしゅう)』の著者で天台浄土教の大成者である恵心僧都源信(えしんそうずげんしん)が父母の菩提のため姉の安養尼(あんように)と共に建立したと伝えられる。お堂に比べて大きい阿弥陀三尊像（国宝）を納める工夫として、天井を船底型に折り上げている。
（右上）有清園(ゆうせいえん)　宸殿より極楽院を眺める側にあり、中国の六朝時代を代表する詩人・謝霊運(しゃれいうん)の「山水清音有」より命名された池泉回遊式庭園である。杉の木立のなか、苔の大海原と紅葉が有名。

（左上）観音堂　身の丈３ｍの観音様の立像が祀られている。観音堂の周りには小観音像が安置されている。
（右上）二十五菩薩石庭　観音堂横にあり、補陀落浄土(ふだらくじょうど)が再現されている。

（右上）金色不動堂(こんじきふどうどう)　紫陽花苑内にあり、１９８９年に建立された根本道場。ご本尊は智証大師(ちしょうだいし)作と伝えられる秘仏金色不動明王。近畿三十六不動尊霊場第１６番札所。