近畿三十六不動尊霊場第１７番札所、神仏霊場京都２８番。天台宗。青蓮院(しょうれんいん)（京都市東山区粟田口）、三千院（京都市左京区大原）、妙法院（京都市東山区東山七条）、毘沙門堂(びしゃもんどう)（京都市山科区安朱）と並ぶ天台宗五箇室門跡の一つで竹内門跡、竹ノ内御殿の別称がある。門跡とは皇族や摂関家の子弟が代々門主となる寺院で、此処は１４９５年に伏見宮貞常親王(ふしみのみやさだつねしんのう)の子、慈運(じうん)大僧正が入手したことに始まる。

（中央上）庫裡(くり)（重要文化財）　現在の通用口。入口の大妻屋根の額「媚竃(びそう)」は良尚親王筆。

７８５年伝教大師の草創から始まり、十世紀、是算(ぜさん)国師の代に比叡山西塔北谷に移り、東尾坊(とうびぼう)と号した。曼殊院となったのは忠尋(ちゅうじん)大僧正の天仁年間（１１０８〜１０年）からである。御所の北から修学院離宮に近い現在の地に移ったのは、１６５６年八条宮智仁(としひと)親王の次男良尚(りょうしょう)法親王の時である。良尚法親王は桂離宮を造った父宮に似て、茶道、華道、書道、造園等に優れ、大書院(おおしょいん)や小書院(こしょいん)（ともに重要文化財）の棚や欄干、金具など、建築物や庭園の随所にその美意識が反映されている。

大書院の仏間には本尊の阿弥陀如来立像が安置され、小書院の北側には、八つの窓を持つ八窓軒(はっそうけん)（重要文化財）がある。優雅な枯山水庭園は国の名勝に指定され、国宝の不動明王画像（黄不動(きふどう)）がある。