崇神天皇７年（紀元前９１年）に創祀された全国３８００余の分霊社(日吉、日枝、山王神社)の総本宮。神仏霊場滋賀１７番。
山王二十一社とは、上七社・中七社・下七社の総称であり、そのなかでも上七社は重要な位置を占める。すなわち西本宮を筆頭に、東本宮・宇佐宮・牛尾宮・白山宮・樹下宮・三宮宮と続き、それぞれに神輿を有する。
東本宮の御祭神は大山咋神(おおやまくいのかみ)、西本宮は大己貴神(おおなむちのかみ)。平安京遷都の折には、この地が都の表鬼門(北東)に当たることから、都の魔除・災難除を祈る社として、また伝教大師が比叡山に延暦寺を開いてからは天台宗の護法神として、日吉山王または山王権現と称され、崇敬を受けてきた。()

はじまりは勅命で崇神天皇７年（紀元前９１年）に、大山咋神(おおやまくいのかみ)を山上に祀り小比叡と称された。６６８年には鴨賀島八世の孫宇志麿に勅して、大己貴神(おおなむちのかみ)を比叡山に祀らせたという。これを大比叡と称し、中世以降、大比叡を大宮、小比叡を二宮と称した。
「延喜式」の名神大社に列し、２２社の列に加わる。後三条天皇が１０７１年に臨幸したのをはじめ、歴代の天皇・上皇の臨幸があった。室町時代になると、多宝塔など仏教施設が林立し、神仏習合の山王社として最盛期を迎える。()

境内には魔除けの象徴として、神猿(まさる)と呼ばれる猿が祀られ、「魔が去る、何よりも勝る」に因んで大切にされてきた。
中世には織田信長の焼き討ちで、以前の建造物等全てが灰塵に帰したが、その後、豊臣秀吉や徳川家康によって再興された。
明治初期の神仏分離で仏教に関係するものすべてが取り除かれた。()

（左上）山王鳥居　神仏習合の信仰を表す独特の形。「合掌鳥居」とも呼ばれる。()

（上）西本宮　本殿は国宝、拝殿は国指定重要文化財。現在の社殿は１５８６年の造営で、日吉造(ひえづくり)と呼ばれる独特の形で造られている。
ご祭神は大己貴神(おおなむちのかみ)。大津京遷都にあたって、大和国三輪山（大神神社）より御神霊を御迎えし、大津京を始め国家鎮護の神として祀られた。この神は国土を開拓・統治なされた神である。
楼門は国指定重要文化財。軒下四隅に屋根を支える「棟持ち猿」がいる。()

（左上）東本宮　本殿は国宝、拝殿は国指定重要文化財。現在の本殿は１５９５年の造営で、西本宮本殿と同じ日吉造(ひえづくり)で造られている。
ご祭神は大山咋神(おおやまくいのかみ)。古事記上巻に「此の神は近淡海国(ちかつおうみのくに)の日枝山(ひえのやま)に坐(ましま)す。」と記載されているように、神代の昔より比叡山に鎮座する地主神である。御神名の「クイ」というのは、山の樹木やその麓の田畑の五穀をグイグイと伸ばし育てて下さる御神徳を指したものである。その兄弟神には竈神・庭の神・玄関の神・土の神があり、その御両親の神が大年の神（稲の神）と水の神であることから五穀豊穣から家庭日常生活の守り神として広く信仰されている。
（右上）樹下宮(じゅげぐう)　本殿、拝殿とも国指定重要文化財。現在の本殿は１５９５年の造営で三間社流造。ご祭神は大山咋神(おおやまくいのかみ)の妃である鴨玉依姫神(かもたまよりひめのかみ)。()

（上）白山宮(しらやまぐう)　本殿、拝殿とも国指定重要文化財。現在の本殿は１５９８年の造営で三間社流造。ご祭神は菊理姫神(くくりひめのかみ)。()

（上）宇佐宮(うさぐう)　本殿、拝殿とも国指定重要文化財。現在の本殿は１５９８年の造営で西本宮本殿、東本宮本殿と同じ日吉造(ひえづくり)で造られている。ご祭神は田心姫神(たごりひめのかみ)。()

（上）山王神輿　平安時代、桓武天皇が日吉大神に寄進したのが始まり。僧兵の強訴で有名で平安時代から室町時代にかけ４０数回の上洛強訴が行われた。
平安時代の神輿は元亀の乱で焼失し、現存のものは桃山時代の作で重要文化財に指定されている。
４月には「山王祭」が行われる。()