天台宗。山号は峨眉山(がびさん)。本尊は文殊菩薩。
六郷満山末山本寺。宇佐神宮六郷満山霊場第２１番札所、国東六郷満山霊場第２５番札所、九州三十六不動霊場第４番札所。
６４８年に役小角(えんのおずめ)の開基と伝える。本尊は「三人よれば文殊の知恵」といわれる日本三文殊の一つと伝わる。()

役小角は豊後国国東峨眉山（文殊山）に登り此地を開き住す。乃ち中国五台山を感得、文殊菩薩の尊像を奉安する。故に文殊仙寺と日う。山上水無し、小角自ら独鈷を執り岩角を打てば霊泉湧出。故に文殊智水と名づく。（豊鐘善鳴録、豊後国志）()

山内は仙境秘境の地、奇峰怪岩に囲まれ瀬戸内海を控えて中国連山と船舶の往来を望む。大自然は天然記念物、史跡指定（昭和４９年）日本の自然百選（昭和５８年）に選ばれる。国東半島随一の古刹なり。開山以来１３００年の法燈を守り続けている。古来より宇佐八幡宮との連繋、神仏習合の形態を保つ山岳修験、六郷満山峰入行の修法を伝承している。()

７１８年に仁聞(にんもん)菩薩により開創されたと伝わる。六郷満山末寺（布教の根本道場）の本寺として最盛期には１２の末寺を有し、境内には２５の堂宇が建ち並び、大聖不動明王を本坊円粒院（現在の客殿）に安置し、山中は六郷満山峯入行の行場の一つであり、従古より文殊菩薩・不動明王の信仰と共に護摩祈願の根本道場としても知られている。()

（上）本殿　１５３８年に建立され、江戸時代には杵築藩主松平英親公の特別祈願所となり、堂内には西日本最大とされる口径３尺（９０ｃｍ）の大釜が奉安されている。
毎月２５日には文殊菩薩縁日護摩供が行われ、数多くの祈願護摩木が奉納され、年間を通して全国より護摩祈祷に参拝者が訪れる中、秋季大祭（１１月第４土・日）にて厳修される八千枚大護摩供は、天台宗総本山比叡山延暦寺千日回峰行者（故・酒井雄哉大阿闍梨）より当山に直伝されたもので、一ヶ月に及ぶ前行を経て３日間、断食・断水・不眠をもって身命を賭し、８０００本以上の護摩木が祈願される。()

宝篋印塔の先端からは瀬戸内海を挟み、四国・山口・広島の連山と船舶の往来を肉眼で見ることが出来る。
仙境一帯は原生林が広く、自然木の新緑や秋の紅葉は何とも言えぬ美しさであり、文殊仙寺の自然林は日本百選に選定され、中でも鐘楼門奥の御神木である千年大欅(けやき)は特別保護樹木に指定され、幹の周りは９ｍにも及ぶ。()