浄土宗西山深草派。山号は北亀山。本尊は阿弥陀如来。通称「寅薬師」といわれる。
創立は約９００年前という説もあるが、寺伝によれば、宮中にあった寅薬師如来像を後宇多天皇が誓願寺第１２世である寶照院傳慶法印に下賜し（１２７９〜１２８２年頃）御倉堂（薬師堂）として開基したといわれている。近世以降巡拝者で賑わい、京都十二薬師霊場第１１番札所、薬師十二所参り第３番、京都名薬師十一薬師の一つに数えられる。

名薬師　江戸時代中期以降、霊験が有名となり、固定して数えられるようになった薬師如来像。
　延暦寺根本中堂・太秦広隆寺・因幡堂平等寺・芝薬師（真如堂西北の大興寺）・菩提薬師(ほていやくし)（麩屋町通二条上ルの大福寺）・蛸薬師（寺町の永福寺）・水薬師（塩小路西朱雀の医王院水薬師寺）・寅薬師（誓願寺辻子の現西光寺）・こぬか薬師（釜座通二条上ル）・夕顔薬師（寺町通三条上ルの矢田寺）・児(ちご)薬師（三条通堀川東入）

寅薬師如来像は弘法大師の作と伝えられ、その昔、大師が時の天皇の願いによって佛像を作ることになり、一刀彫るたびに三度礼拝し、満身の力を込めて彫り上げた。そして成就したのが十二支でいう寅の日、寅の刻にあたることから寅薬師と呼ばれるようになった。()

腹帯(はらおび)地蔵　本堂の脇壇に安置する腹帯地蔵尊は、昔、西光寺の南隣にあった清帯寺の本尊で、行基菩薩の作といわれ、婦人の安産並びに子宝授かりの霊験あらたかと伝えられる。清帯寺は後に廃寺となり、腹帯地蔵尊は当西光寺に移された。京都名地蔵二十一地蔵のひとつであり、洛陽四十八願所地蔵大菩薩第三十四番とされる。

名地蔵　江戸時代中期からその霊験が評判となり、固定して数えられるようになった地蔵。
「京羽二重(きょうはぶたえ)」や「都すゞめ案内者」（いずれも江戸時代の京都案内記）にあげられる名地蔵は、将（勝）軍地蔵（愛宕山白雲寺）・勝軍地蔵（北白川）・目疾地蔵(めやみじぞう)（仲源寺）・腹帯地蔵（誓願寺辻子の清帯寺）・同（北山大原）・矢田地蔵（寺町通三条上ルの矢田寺）・不焼(やけぬ)地蔵（宇治木幡）・油懸(あぶらかけ)地蔵（伏見下油掛町の西岸寺）・木槿(もくげ)地蔵（上京柳原の西林寺）・乙子(おとこの)地蔵（太秦常盤村）・頬焼(ほうやけ)地蔵（姉小路車屋町）・染殿地蔵(そめどのじぞう)（四条寺町） ・蔓巻(かつらまき)地蔵（六波羅蜜寺）・夢違(ゆめちがえ)地蔵（室町通錦小路上ル）・首切地蔵（駒止地蔵、下寺町の蓮光寺）・水落地蔵（百万遍知恩寺内）・矢除(やよけ)地蔵（東寺四塚）・延命地蔵（壬生の地蔵院）・油掛地蔵（嵯峨安堵橋の西）・子安地蔵（下寺町の荘厳寺）・土筑地蔵（下寺町の本覚寺）。これらの多くは石仏であり、その堂や寺名の不明確なものも少なくない。