真言宗智山派。山号は補陀洛山。本尊は十一面観音。
西国三十三所観音霊場第１７番札所、洛陽三十三所観音霊場第１５番札所、神仏霊場京都３８番、都七福神巡りの一つ。
９５１年醍醐天皇第二皇子光勝空也上人により開創された。()

空也上人は、当時の京都に流行していた悪疫退散のために十一面観音像を刻んで、自らそれを市中で引き回し、踊りながら念仏を唱えた（“踊念仏”）。その派手な姿を見た京都の民衆は彼を「市(いち)の聖(ひじり)」と呼んだと言う。
９６３年には諸堂の落慶供養が盛大に営まれた。創建当時は西光寺と呼ばれたが、上人の死後に六波羅蜜寺と名を変えている。寺はその後も発展し、平安時代の後期には天台宗別院として栄えた。()

源平両氏の興亡、北条・足利と続く時代の兵火の中心ともなったが、火災に遭うたびに修復されてきた。平清盛や重盛の時代には、広大な境内に平家一門の邸館が大小合わせて５０００以上建ち並んだという。しかし、１１８３年平家都落ちの時には兵火によって、本堂を残し平家一門の屋敷やすべての諸堂が焼失してしまう。以後、鎌倉幕府の時代には、ここに六波羅探題が置かれ京都支配の中心となったが、これもまた鎌倉幕府滅亡の時期には、兵火にさらされる原因となった。()

現本堂は１３６３年の修営であり、明治以降荒廃していたが、１９６９年（昭和４４年）開創１０００年を記念して解体修理が行われ、丹の色も鮮やかに絢爛と当時の姿をしのばせている。()