長徳山(ちょうとくざん)功徳院(くどくいん)百萬遍(ひゃくまんべん)知恩寺(ちおんじ)と号し、宗祖法然上人を開山と仰ぎ、勢観房源智(せいかんぼうげんち)上人を第二世とする浄土宗大本山の一つである。法然上人二十五霊場第２２番札所。
法然上人は１１７５年３月、４３歳の時に浄土宗を開いた。上人は賀茂の神宮寺である功徳院(くどくいん)に寄寓した。当時は、賀茂のかわら屋・今出川釈迦堂・賀茂禅坊などと称された。１２１２年１月２５日上人入滅後、源智上人が、師の恩徳を偲び「恩を知る」寺として知恩寺を建立した。()

もとは今出川烏丸付近にあったが、足利義満の相国寺建立にあたり移転を命ぜられ、その後堀川中立売付近に移り、豊臣秀吉の命により御所の東側広小路に移った。
１６６１年、御所内よりの出火で類焼したが、第３９世萬霊(ばんれい)上人により現在の地に再興された。法然上人を安置する御影堂は、１６６１年より７年を経て完工した。その後も萬霊(ばんれい)上人は江戸に下り金五百両を得て、また諸国を行脚して、延宝年間に及んでほぼ現在に近い諸堂宇を完備した。()

百萬遍という号は後醍醐天皇から賜ったもの。１３３１年８月京都で大地震が起き大きな被害がでた。悪病も流行り、多数の死者がでた。天皇は深く心配し、諸寺社に勅を下して祈祷をせしめたが収まらず、当時民衆の帰依もあつい知恩寺第八世空圓(くうえん)上人に悪疫退散の祈願を修行するよう勅命を下した。空圓(くうえん)上人は詔を奉じ参内し、宮中秘蔵の弘法大師御筆利劔名號(りけんみょうごう)軸を掲げて、七日七夜を期して阿弥陀佛の御名を称えること百萬遍におよんだ。またその祈願の護符をひろく人々に授けて、門戸に貼り付けることをすすめた。その功力により悪疫止み、天皇は御感のあまり「百萬遍」の勅号と利劔名號(りけんみょうごう)軸及び五百四十顆の大念珠を下賜された。以来、諸祈願の法会等にはこの利劔名號(りけんみょうごう)軸を掲げて、僧俗が輪になり念仏を称えながら大念珠を繰る「百萬遍念珠繰り」が修されるようになり、数珠繰りの「ひゃくまんべんさん」と呼ばれ親しまれている。()