真言宗大覚寺派。正しくは七宝山(しっぽうざん)神恵院(じんねいん)という。
本尊は阿弥陀如来。四国八十八ヶ所第６８番札所。
第６９番札所観音寺(かんのんじ)と境内を共有し、納経所も同じ。山門も共通で二つの寺名を掲げている。
開基も創建の時期や由縁も同じで、７０３年に日證上人が開創。８０７年、留錫した弘法大師は七堂伽藍を建立。以後、真言密教寺院として隆盛する。()

７０３年、開祖とされる法相宗の高僧日證上人が琴弾山頂に草庵を結んで修行をしていた折、鎮西宇佐の宮（大分県・宇佐神宮）より八幡大菩薩が降臨され、海の彼方には神船が琴の音とともに現れた。上人は、里人とともに神船と琴を引き上げ、山頂に琴弾八幡宮を祀り、神宮寺を建立し、仏法流布、神仏習合の霊地と定められた。
その後、唐より戻った弘法大師は、８０７年に当山を訪れ、八幡大菩薩の御託宣を感得し、薬師如来、十二神将、聖観世音菩薩、四天王等の尊像を刻み、七堂伽藍を建立。山号を七宝山、寺号を観音寺と定め、八幡宮の別当に神恵院をあて、本地仏の阿弥陀如来を描き奉納した。()

江戸時代まで四国八十八ヶ所霊場は、琴弾八幡宮が第６８番札所、観音寺が第６９番札所として参詣されていた。
その後、明治維新を迎えると、新政府の神仏分離令により、琴弾八幡宮は四国霊場から切り離されることとなる。八幡大菩薩の本地仏である阿弥陀如来を観音寺西金堂に移し、別当であった神恵院が第６８番札所とされた。
２００２年（平成１４年）にはコンクリートと白木製の新本堂が完成した。()