高野山真言宗別格本山。山号は岩陰山(いわかげざん)。本尊は釈迦如来。
篠栗四国八十八ヶ所霊場第１番札所。
江戸時代の天保年間に開かれた篠栗四国霊場は、１８８６年（明治１９年）に廃仏毀釈のあおりを受け、県令により霊場廃棄命令が出された。しかし地元の人々の嘆願の結果、１８９９年（明治３２年）９月に高野山より南蔵院を招致することで存続が認められた。()

１８８６年（明治１９年）に福岡県令が出した霊場廃棄命令に住民達は敢然と反対運動を展開した。当時の村長藤喜一郎氏を中心に各方面に陳情を繰り返し、ようやく１８９９年（明治３２年）に内務省令で許可が下りた。それは高野山金剛峯寺本覚院の塔頭南蔵院を篠栗に移し寺院形態をとること、篠栗にある八十八の全札所を南蔵院の飛地仏堂、飛地境内にすることが条件であった。こうして林覚運師が篠栗南蔵院の初代住職として晋山した。そして徳島県鳴門市にある四国八十八ヶ所第１番札所霊山寺(りょうぜんじ)から勧請した釈迦如来を篠栗霊場１番札所南蔵院の本尊にした。()

林覚運師は篠栗霊場と南蔵院の発展に死力を尽くし、二代目住職林覚雅師にも引き継がれた。
１９９２年（平成４年）に本堂の裏山３００ｍ離れたところに十万室を持つ釈迦殿納骨堂を建立した。さらに上の広場には世界最大のブロンズ釈迦涅槃像、高さ１１ｍ、全長４１ｍ、重量３００トンの露座の大仏を建立、１９９５年（平成７年）に完成させた。()