天台宗。山号は東照山(とうしょうざん)。
九州四十九院薬師霊場第４番札所。
８１０年に伝教大師最澄が開基。本尊に薬師如来を安置、説に伝教大師が謹刻した七仏薬師の一つであるという。
もとは大伽藍を有したが、戦国時代に大友宗麟と島津貴久の兵火に罹災した。()

８０４年春３月に伝教大師最澄は入唐、翌年８月に帰朝して、太宰府に逗留のみぎり七仏薬師を自刻し、第５座をこの種因寺に安置した。別名を法海雷音如来という。ちなみに他の六体は次の寺院に安置されているという。
　第１番　朝倉市の南淋寺本尊
　第２番　比叡山根本中堂
　第３番　宝満宇智山中堂
　第４番　堅粕東光院本尊
　第６番　京都四条因幡堂本尊
　第７番　京都太秦広隆寺本尊
このうち３番と４番以外は現存している。()