真言宗大覚寺派。山号は医王山。本尊は薬師如来坐像。
九州八十八ヶ所百八霊場第６番札所、九州四十九院薬師霊場第２番札所。
８０６年、伝教大師最澄の創建。創建当初は天台宗であったが、曹洞宗を経て、現在は真言宗である。()

伝教大師最澄は、８０３年に遣唐使藤原葛野麿を長とする一行に加わり、仏教研修の勅命を受けた。那の津（博多湾）を出た一行の船は、玄界灘で荒天に遭って難渋した。ときに最澄は、七仏薬師の謹刻を誓願し、もって無事に入唐することができた。帰国後、最澄は誓願を果たすべく九州に下り、古処山の霊木をもって七体の尊像を謹刻、瑞雲のたなびく南の林、長渕村の筑後川畔に、８０６年南林寺を創建した。ちなみに他の六体は次の寺院に安置されているという。
　第２番　比叡山根本中堂
　第３番　宝満宇智山中堂
　第４番　堅粕東光院本尊
　第５番　嘉穂郡桂川町種因寺本尊
　第６番　京都四条因幡堂本尊
　第７番　京都太秦広隆寺本尊
このうち３番と４番以外は現存している。()

１３４６年、仁能阿闍梨のとき相続問題から寺内は乱れ、宗本主座に禅譲して曹洞宗に改宗した。この機に宗本は太宰府長官少弐頼尚の継母賀茂御庵宗修禅尼に寺領の寄付を受け、筑後川の氾濫に悩まされていた寺構を現在地に移した。
その後１４３５年と１４４４年に火災があったが、本尊の「林に水をそそげ」というお告げで、林の字に水を加え南淋寺と改めて、防火用の井戸を掘ると火災はなくなったという。
１６４８年、光悦禅師が福岡の安国寺に転住、領主黒田忠之の命により、快遍阿闍梨が入山して真言宗に改めた。()