真言宗智山派。山号は福聚山。洛陽三十三所観音霊場第２７番札所、京都十二薬師第１番札所、京都十三佛霊場第７番札所。
因幡堂(いなばどう)、因幡薬師(いなばやくし)とも呼ばれる。
９９７年因幡（現在の鳥取県）国司・橘行平(たちばなゆきひら)が、任を終えて帰京の途中、夢のお告げに従って因幡賀留津(がるつ)の海中から引き揚げ安置しておいた薬師如来像が、行平のあとを追って京都に飛来したといわれ、１００３年に行平は自宅を改造してこれを祀ったと伝えられている。この霊験談は広く親しまれ、歴代天皇をはじめ一般庶民の深い信仰を受け、１１７１年には高倉天皇により「平等寺」と命名された。

堂舎は度々火災に遭い、寺域も次第に小さくなったが、１８６８年（明治元年）に再建された現本堂には、度重なる火災にもかかわらず伝えられてきた本尊薬師如来立像が安置されている。この薬師如来立像は藤原時代の一木造りで重要文化財に指定されている。嵯峨釈迦堂の釈迦如来、信濃善光寺の阿弥陀如来とともに日本三如来の一つに数えられ、ことのほか信仰されている。

ここは、かって癌が不治の病と思われていた時代、最後に因幡薬師にすがった人が多かったため、現在まで「がん封じ」の薬師如来として伝わっている。現在も毎月８日に薬師護摩を焚き、癌封じの祈願をしている。