真言宗智山派。成田山新勝寺の東京別院。
関東三十六不動尊霊場第２０番札所。本尊は不動明王。()

開創は江戸時代１７０３年に成田山新勝寺の本尊を江戸に奉持し特別拝観したことに始まる。第一回目の出開帳は富岡八幡宮の別当寺である永代寺で行われた。
以来出開帳はたびたび行われ、大勢の江戸っ子で賑わったと伝えられている。そのような中で不動信仰はますます盛んになり、信徒講社が結成された。
その後、１８６８年（明治元年）の神仏分離令による廃仏運動のなか、信徒講社は永続的な御旅所確立のために成田山に働きかけ、旧来しばしば出開帳を行った永代寺跡の現在地に、不動明王分霊が正式に遷座した。深川不動堂として堂宇が完成したのは１８８１年（明治１４年）である。()

しかし、１９２３年（大正１２年）の関東大震災で諸堂伽藍は全焼、再建後も１９４５年（昭和２０年）の東京大空襲にて灰塵に帰した。終戦後は占領下の日本では建築面積等の制限でなかなか再建できず、千葉県印旛郡の天台宗龍腹寺地蔵堂を移築することとなり、１９５０年（昭和２５年）に本堂の上棟式が行われた。
その後は２００２年（平成１４年）に内仏殿が落慶し、２０１２年（平成２４年）には新本堂が落慶した。()