高野山真言宗。山号は大栄山。
御府内八十八ヶ所霊場第６８番札所。
１６２７年に富岡八幡宮別当寺として長盛上人が永代島に創建した。
当時の永代島は隅田川河口の砂州で、長盛上人が開墾し、寺社地六万五百八坪を所有して一宇を建立した。現在の深川公園辺りはかっての永代寺庭園の一部で、通常は非公開であったが、毎年３月２１日から２８日迄は弘法大師の御影供が行われ、その期間に限って山開きと称し林泉を開き、江戸庶民に見物を許し、大層な賑わいであった様子が江戸名所図会に描かれている。()

しかし１８６８年（明治元年）の神仏分離令を契機に行われた廃仏毀釈により、永代寺は廃寺となり、１８９６年（明治２９年）永代寺塔頭であった吉祥院が永代寺の名称を継ぎ、現在にいたるという。
なお、地名の門前仲町は「永代寺の門前町」という意味である。()