善光寺自体は無宗派。しかし寺内には天台宗の大勧進と浄土宗の大本願、さらに３９の院坊（天台宗２５院、浄土宗１４坊）があり、これらの寺院の僧侶が共同で本堂を護っている。
御本尊は「一光三尊阿弥陀如来像」（善光寺如来）で、三国伝来の生身の阿弥陀様として尊崇を集める秘仏。「一光三尊」とは、一つの光背に三尊（中央に阿弥陀如来、その両脇に観世音菩薩と勢至菩薩）を配する形式で、特に善光寺如来は三尊とも立像であることが特徴。

『善光寺縁起』によれば、「善光寺」の名は、御本尊を信濃の地に祀った本田善光に由来し、その本田善光は阿弥陀如来様と前世からの縁で結ばれていたとされている。この御本尊はまず印度で一光三尊仏になり、百済を経て日本に伝わり、伝来当初は廃仏派の物部氏により一度は堀に捨てられたが、仏縁にて本田善光に出会うことになる。まずは自宅に安置したが、６４２年現在の地に遷座し、６４４年に皇極天皇の勅願にて「善光寺」の伽藍が創建されたと伝えられる。
戦国時代１５５５年から約半世紀、御本尊は諸国を流転することとなる。まずは武田信玄の手で甲府に（甲斐善光寺の始まり)、武田氏滅亡後は織田信忠の手で岐阜に（岐阜善光寺の始まり)、それから尾張清洲、浜松を経て一旦は甲府に戻ったが、再び豊臣秀吉の手で京都の方広寺に、しかし御本尊が京都に入ってから秀吉の健康がすぐれなくなってきた。御本尊を移した武田氏、織田氏のように秀吉の病気も御本尊のたたりであるという噂が広まった。ついに秀吉が立つこともできなくなった死の直前、その枕元に御本尊が立たれ、信濃に帰りたい旨をお告げになったといわれる。そして１５９８年にわかに御本尊は信濃へ送り返されることになった。

（左上）本堂　江戸時代を代表する仏教建築として国宝に指定されている。
１７０７年再建。間口約２４ｍ、奥行約５４ｍ、高さ約２６ｍの国内屈指の木造建築で、Ｔ字形の鐘を叩く撞木に似た「撞木造り」という構造を採用している。本堂の最奥が内々陣にあたり、そこでご本尊を祀っている。
（右上）大香炉　現在は１９５６年製作のもの。以前のものは戦時中の金属供出に出された。大きな香炉を３組の獅子が支え、中央には善光寺の定紋である立葵が入っている。香炉から出る煙を身体にこすりつければ、無病息災、病気平癒のご利益があるとされている。

（上）山門（三門）　重要文化財。間口・高さ約２０ｍ、奥行約８ｍ、二層入母屋造りの門で、１７５０年に建立された。屋根はさわらの板の栩葺で、山門上層には仏間があり、文殊菩薩と四天王が安置されている。

（上）仁王門　善光寺大地震などで焼失し、１９１８年に再建された。間口約１３ｍ、奥行約７ｍ、高さ約１４ｍ、屋根は銅瓦葺で、門には伏見宮貞愛親王筆の「定額山」の額が掲げられている。仁王像とその背後にある三宝荒神・三面大黒天は高村光雲・米原雲海の作。仁王像は、向かって左に「阿形」、右に「吽形」が位置している。

（上）仲見世通り　かって善光寺如来堂（本堂）があった場所で、江戸時代に火災を避けるため現在の地に本堂が移転された。その跡地は「堂庭」と呼ばれ、商人たちが露店を出すようになった。明治時代（１８７１年）には正式に常設店が認められ現在の通りの原型ができた。ここには土産店、仏具店、飲食店が並び、善光寺を訪れた人でいつもにぎわっている。

（左上）大勧進　大勧進は天台宗大本山で善光寺２５ヶ院の本坊である。住職は貫主と呼ばれ、大本願上人とともに善光寺住職を兼ねている。貫主は毎朝善光寺本堂で行われるお食事（お勤め）に出仕され、代々比叡山延暦寺より推挙される慣習になっている。
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（右上）六地蔵　六地蔵とは、地獄・餓鬼・畜生・修羅・人・天の六つの世界で衆生を救ってくれる菩薩。１７５９年、浅草天王町祐昌が願主となって造立された。戦時中には金属供出され、その後１９５４年に再興された。