御祭神は天忍穂耳命(あめのおしほみみのみこと)、栲幡千々姫命(たくはたちぢひめのみこと)の夫婦二柱と、その皇子・饒速日命(にぎはやひのみこと)の親子三柱とする。()

天忍穂耳命(あめのおしほみみのみこと)は別名正哉吾勝勝速日天忍穂耳命(まさかあかつかちはやびあめのおしほみみのみこと)と称し、天照大神の子。家内安全、厄除、勝運の神様として崇敬されている。
栲幡千々姫命(たくはたちぢひめのみこと)は高皇産霊命(たかみむすびのみこと)の娘で別名万幡豊秋津師比女(よろずはたとよあきつしひめ)ともいい、織物に功績著しい神様で、機織り染め物関係の守護神として崇敬される。尚、子授け・安産の神様としても信仰されている。()

饒速日命(にぎはやひのみこと)は前記二柱の夫婦神の皇子で、瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)の兄とされ、別名天火明櫛玉饒速日命(あめのほあかりくしたまにぎはやひのみこと)という。怪我腫物、病気平癒の神様で、交通安全祈願の神様としても崇敬されている。()

本殿背後の山腹に現在は奥之院として陰巌・陽巌と称する一対の巨岩があり、そこに神が降臨すると考えられていた古代に磐座として祀ったことが始まりと伝えられている。
社伝によれば３４３年の発祥とされ、境内から奈良時代以前の土器が出土している。後年、寛平年間（８８９〜８９８年）、陽巖に天忍穂耳命(あめのおしほみみのみこと)を、陰巖に栲幡千々姫命(たくはたちぢひめのみこと)を、また岩前小社に大宅氏の祖神として饒速日命(にぎはやひのみこと)を祀った。()

社殿は治承年間（１１７７〜１１８１年）に園城寺僧徒により焼失されたが、１２６２年に再建され今日に至る。現在は山科東北部における産土神である。
中世に東・西・上の岩屋三社と呼ばれた神社は、東が当社であり、西が山科神社、上は不明である。()