御祭神は日本武尊(やまとたけるのみこと)とその子の稚武王(わかたけのみこと)。社伝によれば８９７年、宇多天皇の勅命により創建され、この地の豪族宮道(みやじ)氏の祖神として、また山科一ノ宮とも呼ばれて、この地の産土神として人々の崇敬を受けた。()

盛時には、社領を丹波、山城に持ち、社殿の規模も大きかったが、度々の兵火のため焼失し、現在は、三間社流造の本殿（京都市指定有形文化財）及び権殿、拝殿、神庫などが残っているのみ。
また１７０１〜１７０２年、赤穂浪士の大石良雄が山科の里に隠棲していたが、その時、当社奥の院岩屋神社（現在は独立神社）に参篭して大願成就を祈ったといわれている。例祭は「山科祭」と呼ばれ、毎年１０月１０日に行われる。()