もとは下社の宇治神社と一体で平等院の鎮守社になったと伝えられる。明治時代に分離。
１９９４年１２月に「古都京都の文化財」として、「世界遺産条約」に基づく世界文化遺産に登録された。
祭神は応神天皇とその皇子菟道稚郎子(うじのわきいらつこ)及び兄の仁徳天皇とされる。
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境内正面の拝殿（国宝)は鎌倉初頭のもので、寝殿造りの様式を伝えており、特に縋破風(すがるはふ)といわれる手法を用いた屋根の美しさは格別。
本殿（国宝)は、平安時代後期に建てられた、現存するわが国最古の神社建築である。境内には、鎌倉時代に建てられた春日神社（重文)等の摂社や、清水がこんこんと湧き出る宇治七名水の一つ「桐原水(きりはらすい)」がある。()

２０１３年２月〜１２月まで拝殿、２０１４年１月〜１２月まで本殿と２年がかりで修復工事があり、本殿は３２年ぶり、拝殿は３７年ぶりで屋根の葺き替えを中心に行われた。()