浄土宗西山禅林寺派。本尊は阿弥陀如来。
江戸時代には、洛陽四十八願所地蔵めぐり（京都四十八願寺）の第３５番札所であった。札所本尊は枕反地蔵(まくらがえしじそう)（立江地蔵(たつえじぞう)）。
永正年間（１５０４〜１５２０年）初めに忍想上人により綾小路通室町西入善長寺町に創建され、１５９１年に豊臣秀吉の命で現在地に移転、徳川家康上洛の折りの定宿であった。
開創時には境内に鎮守社として福知山市三和町の大原神社(おおばらじんじゃ)が勧請された。この大原神社の大原大明神は「くさ（瘡、湿疹）」の平癒にご利益があるとされ、瘡神(くさがみ)さんと称して信仰された。瘡神(くさがみ)は感染力、致死率の高い伝染病・天然痘を意味する。このため、立江地蔵尊も「くさよけ(瘡除け)」の信仰を集めた。また四国八十八ヶ所第１９番札所徳島・立江寺(たつえじ)の本尊・立江地蔵菩薩像の分身とも伝わる。
善長寺の山号は、この大原神社に因み大原山になっている。なお、善長寺の旧地には善長寺町の町名が残り、大原神社(おおはらじんじゃ)はいまも祀られている。()