ご祭神は、伊邪那美命(いざなみのみこと)（伊弉冉尊）、天照大神(あまてらすのおおかみ)、月弓尊(つきよみのみこと)。
８５２年に現在の南丹市美山町樫原から勧請されたと伝えられる。丹波誌に国司大原雅楽頭(うたのかみ)が社殿を造営したとある。
古事記によると、伊邪那美命(いざなみのみこと)（伊弉冉尊）は伊邪那岐命(いざなぎのみこと)（伊弉諾尊）とともに万物をつくった女神とされることから、当社は安産と五穀豊穣の守り神として、古くから崇められてきた。()

明智光秀が丹波平定の際に、兵火に遭い焼失し社伝や古文書も失った。
現在の本殿は１７９６年に当時の綾部藩主九鬼氏の庇護により再建されたものである。
本殿、弊殿、拝殿、摂社火神神社、摂社水門神社、絵馬殿は１９８４年（昭和５９年）に京都府指定有形文化財に指定されている。()

江戸時代の奉納絵馬や石造品に山城地方の寄進者が多く広域的に信仰があったことがわかる。そのように社勢を延ばすための手段として御札の販売があり、山城地方の出張所として、京都祇園祭の綾傘鉾の会所である大原神社(おおはらじんじゃ)があった。江戸時代には大原神社の御札が京都綾小路の大原神社(おおはらじんじゃ)で販売され、その売り上げが上納されていた。ところが江戸時代中期頃この上納金のトラブルがあり、以来ここ大原神社と綾小路大原神社(おおはらじんじゃ)とは疎遠になっていたが、２００１年（平成１３年）に両社の交流が再開し、２００２年（平成１４年）の大原神社鎮座１１５０年祭には、祇園祭中に綾小路大原神社(おおはらじんじゃ)を会所とする綾傘鉾保存会による巡行も行われた。()

（下）産屋(うぶや)（京都府指定有形民俗文化財）　大原では、出産の折、１２把のワラ（閏年は１３把）を持ち込み、出入口に魔除けとして古鎌を吊り、７日籠って出産していた。この習俗は大正年間まで続き、また産後三日三夜籠る習慣は１９４８年（昭和２３年）頃まで続いていたという。()