浄土宗。本尊は阿弥陀如来。
鳥羽伏見の戦いの淀の戦いでは、当寺は幕府軍の野戦病院となった。()

観音堂に安置される足立観音は、和気清麻呂の夢に出現し、国を導いた観音菩薩といわれる。和気清麻呂の傷を治したことから足腰治癒・健康祈願のご利益があり、年に一度の御開帳には多くの参拝者が訪れる。
足立観音は八幡大菩薩の化身とされ、八月十八日の政変で京都から追い出された長州藩は男山・大山崎の八幡神社（石清水八幡宮・離宮八幡宮）に集まったが、当寺の観音様にも参拝されたと伝えられる。()

伏見方面の幕府軍（幕臣・新撰組・見廻組・会津藩等）は淀千両松に布陣して政府軍を迎撃したが敗退し、淀城の入城も拒まれた。幕府軍は男山・橋本方面へ撤退し、その負傷者・戦死者は当寺に運ばれた。この戦闘では新撰組隊士の三分の一が戦死したという。
この時、長円寺が戦場にならず、幕府軍の治療や戦死者の供養を続けられたのは、二つの理由があったという。
一つは閻魔王の前で争い、罪を犯すことは出来なかった。もう一つは八幡大菩薩の化身である足立観音を安置する当寺を政府軍（長州・薩摩・土佐藩等）が攻めることは恩を背くことになる。新撰組は鳥羽伏見の戦いで政府軍に敗北し、榎本武揚が率いる幕府所有の軍艦で江戸に撤退する。後に土方歳三が榎本に、鳥羽伏見の戦いの中、当寺が幕府軍を助けた寺であるとして話をしたといい、１９０７年（明治４０年）に、榎本武揚により書かれた幕府軍の戦死者慰霊碑が当寺に建立され、今なお法要で供養されている。()