主祭神は日子八井命(ひこやいのみこと)（別名国龍神、草部吉見神(くさかべよしみのかみ)。阿蘇神社では三宮に奉斎。）、ほか十一神を祀る。
鵜戸神宮（宮崎県日南市）、一之宮貫前神社（群馬県富岡市）とともに日本三大下り宮のひとつ。
第７代孝霊天皇の御代（紀元前２８７年）の創祀とされる。()

御祭神は
一の宮　日子八井命(ひこやいのみこと)（神武天皇の子）
二の宮　比�東芬q命(ひめみこのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の妃）
三の宮　天彦命(あめひこのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の子、三郎神社御祭神）
四の宮　天比�当ｽ(あめひめのみこと)（天彦命(あめひこのみこと)の妃、三郎神社御祭神）
五の宮　阿蘇都彦命(あそつひこのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の甥、神武天皇の孫、阿蘇大神健磐龍命(たけいわたつのみこと)）
六の宮　阿蘇都比�当ｽ(あそつひめのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の娘にして阿蘇大神の妃）
七の宮　新彦命(にひひこのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の子）
八の宮　彌比�当ｽ(やひめのみこと)（新彦命(にひひこのみこと)の妃）
九の宮　速瓶玉命(はやみかたまのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の外孫、阿蘇大神の子）
十の宮　若彦命(わかひこのみこと)（新彦命(にひひこのみこと)の甥、天彦命(あめひこのみこと)の子）
十一の宮　新比�当ｽ(にひひめのみこと)（新彦命(にひひこのみこと)の娘）
十二の宮　彦御子命(ひこみこのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の外曾孫、速瓶玉命(はやみかたまのみこと)の子）()

日子八井命(ひこやいのみこと)は、神武天皇６９年（紀元前５９２年）、東征の時、日向高千穂より草部に入り、しばらく川走の窟（イワヤ）に住んだ後、今の草部吉見神社の所にあった池を干し宮居と定めた。
創建は阿蘇神社に先立つこと６年と言われる。
宮居を定めた翌年、健磐龍命(たけいわたつのみこと)（神八井耳命(かんやいみみのみこと)の御子・阿蘇大神とも言う）が下向したのを迎え、請われた姫を健磐龍命(たけいわたつのみこと)の妃にした。この姫が阿蘇都比�当ｽ(あそつひめのみこと)であり、日子八井命(ひこやいのみこと)は健磐龍命(たけいわたつのみこと)と力を併せ、内には九州鎮護、外には東征という朝廷の国土統一事業の一翼を担った。()

天正年間（１５７３〜１５９２年）には豊後の大友氏が肥後に侵攻し、社領は略奪され権大宮司家は一時祠官家を離れて村民の中に身を潜めた。
１７９３年に祠官家が復興され、１８１０年には祝部家が再興された。
社殿は１５５６年に甲斐左近将親成によって造営され、のち幾度か修理されたと伝えられる。
社殿下に吉ノ池（八功徳水とも言う）と呼ばれる湧水池がある。()

草部吉見神社から約１Ｋｍ南に行ったところに日子八井命(ひこやいのみこと)の御子天彦命(あめひこのみこと)と天彦命(あめひこのみこと)の妃天比�当ｽ(あめひめのみこと)を祀る摂社三郎神社がある。()