曹洞宗。山号は宝華山または岩殿山。
本尊は行基七観音の一つである四面馬頭観世音菩薩。
九州西国霊場第１４番札所。()

行基自ら敬刻の馬頭観音を霊巌洞に安置したのに始まると伝えられる。その後１３５１年、中国寧波より来朝した禅僧東陵永與(とうりょうえいよ)により建立された。永與(えいよ)は、鎌倉円覚寺、京都西芳寺、京都天龍寺、鎌倉建長寺、京都南禅寺などを歴住したが、１３６５年入寂の後、妙応光国慧海慈済(えかいじさい)禅師の諡号を下賜された。雲巌寺に伝わる木造禅師倚像は国の重要文化財に指定されている。()

（下）霊巌洞　雲巌寺奥の院であり、格子戸の奥に岩戸観音と呼ばれる本尊四面馬頭観世音菩薩が安置されている。格子戸の前には大きな岩があるが、これは馬頭観音を異国から運ぶ際に誤って船を転覆させた船頭が、罪を恐れて岩になったという伝説がある。()

（左上）逆修碑　逆修とは、生前において戒名など付けてもらい一般の葬式などを生前修行厳修されたもの。細川家の家老沢村大学及び戦国時代の文武兼備の武将鹿子木寂心(かのこきじゃくしん)の逆修が彫られている。()

また霊巌洞は、熊本藩主細川忠利に懇願されて熊本の地に迎えられた剣豪宮本武蔵が、１６４３年から二年間籠り、二天一流の極意書「五輪書」を著した史跡として名高い。()