真言宗智山派。本尊は千手観世音菩薩。四国八十八ヶ所第２９番札所。
正しくは摩尼山(まにざん)宝蔵院(ほうぞういん)国分寺(こくぶんじ)という。()

７４１年（天平１３年）、聖武天皇は国家の安穏や五穀豊穣、政教一致、地方文化の向上などを祈って、勅命により全国６８ヶ所に国分寺、国分尼寺を創建した。奈良・東大寺はその総国分寺ともいわれる。
この土佐国分寺は聖武天皇から金光明最勝王経が書写して納められたため、金光明四天王護国之寺とも呼ばれた。()

開基は行基菩薩で、自ら千手観世音菩薩を彫造し本尊としている。
弘法大師が８１５年（弘仁６年）頃に巡錫し、毘沙門天像を彫造して奥の院に安置した。この際に真言宗に改宗したとされる。()

鎌倉時代から戦国時代にかけ幾度もの戦禍や災害を受けて荒廃したが、室町末期に長宗我部(ちょうそかべ)氏の庇護を受け復興。山内藩政時代にも寺領を与えられ建物の造営修復は藩の援護を得て行われた。
金堂（本堂）と木造薬師如来像二体並びに梵鐘は国の重要文化財。また創建当時の土塁が残る寺域は国の史跡に指定されている。()

（左上）金堂（本堂）　七堂伽藍の中心で本尊を安置する。現在の建物は１５５８年に長宗我部(ちょうそかべ)国親(くにちか)・元親(もとちか)親子により創建時の金堂跡に再建されたもので、こけら葺きと天平時代の建物に模した寄棟造りに特徴がある。また内部の海老虹梁(えびこうりょう)は土佐最古といわれ吹寄垂木(ふきよせたるき)等に室町時代の特色がうかがわれる。()