真言宗御室派。本尊は大通智勝如来。四国八十八ヶ所第５５番札所。
正しくは別宮山(べっくざん)金剛院(こんごういん)南光坊(なんこうぼう)という。()

１９７８年（昭和５３年）真言宗醍醐派に転派したが、２０１３年（平成２５年）御室派に戻り、仁和寺の末寺に復した。()

四国霊場のうち坊がつくのはここだけ。もと伊予国一宮である大三島大山祇神社の属坊として宮浦（大三島）に建立された。しかし海を渡らないと参拝できないため７１２年にその別宮を越智郡日吉村（現在の今治市）に勧請創建した際、別当寺として南光坊を含む８坊も移したと言われる。
別に正治年間（１１９９～１２０１年）に移されたという説もある。()

その後、伊予の豪族河野一族や代々の国司の庇護を受けて発展したが、天正年間（１５７３～１５９２年）長宗我部軍の兵火に遭い８坊は全て焼失した。その中で唯一、この南光坊だけは大山祇神社の別当寺として再興された。
１６００年、初代今治藩主に任ぜられた藤堂高虎は祈願所として薬師堂を再建、以降も今治藩主久松家から信仰を集めたという。()

明治維新の神仏分離令により境内を区切り、神社の本地仏・大通智勝如来を南光坊本堂に移して、別宮明神とは分離した。()