御祭神は、天御中主大神(あめのみなかぬしのおおかみ)、安徳天皇(あんとくてんのう)、建礼門院(けんれいもんいん)（高倉平中宮(たいらのちゅうぐう)）、二位尼(にいのあま)。
日本橋七福神の弁財天を祀る。安産祈願で有名。
安徳天皇は高倉天皇と建礼門院の皇子として生まれ、３歳で第８１代天皇となり、１１８５年８歳の時に祖母の二位尼に抱かれ壇ノ浦の海に身を投じた。
建礼門院は父・平清盛と母・時子（二位尼）の間に生まれ、１８歳で高倉天皇の中宮となった。建礼門院とは安徳天皇を生んでからの院号であり、壇ノ浦の合戦後は平家一門の菩提を弔った。
二位尼は平清盛の正室で、名は時子といい、清盛の死後出家し従二位に叙したので二位尼と呼ばれる。孫の安徳天皇と共に壇ノ浦で入水した。()

１８１８年、久留米藩第９代藩主有馬頼徳(よりのり)が、領地久留米水天宮の分社を三田赤羽の有馬藩邸に建てたのが始まり。１８６８年（明治元年）に有馬邸が青山に移ると共に青山へ、さらに１８７２年（明治５年）現在地に移った。
２０１８年に江戸鎮座２００年を迎える記念事業として、２０１３年から社殿の建て替え工事を行い、２０１６年３月に完成した。
全国総本宮は福岡県久留米市にある。()