真言宗豊山派。正しくは普門山常心院長久寺という。
びわ湖百八霊場第５７番札所（湖東第４番札所）。
１０４１年、後三条天皇の皇后の勅願寺として、高野山の学僧・善応僧都(ぜんのうそうず)が開創し、当時の年号をもって寺名とした。本尊に千手観音を祀る。()

当初は、当地において名刹といわれた湖東三山（百済寺・金剛頂寺・西明寺）に比肩し、比叡山延暦寺を凌ぐほどの勢力であった。しかし１５１０年、六角・京極両氏の兵火により大打撃を受け、さらに１５７１年、織田信長の比叡山焼き討ちで同じように堂塔伽藍をことごとく焼き尽くされ、平安朝以来の近江の名刹・長久寺は一旦消滅した。
江戸時代に入ってようやく復興が始まり、彦根藩主から庇護され再興、１６２９年には彦根藩家老庵原主税助朝真(いはらちからのすけともざね)により本堂が造営されている。()

寺宝に井伊家より拝領のお菊の皿がある。
「一枚、二枚・・・」の下りでお馴染み怪談「番町皿屋敷」のモデルは彦根藩での出来事と言われる。
彦根藩士・孕石(はらみいし)政之進のもとで女中奉公していたお菊は、恋人・政之進の気持ちを確かめるために家宝の皿を割り、家宝の皿か自分への愛情か、どちらが深いかを試した。自分の心を疑われたことを知った恋人は、残りの皿九枚を刀の柄頭でうち割り、さらにお菊まで切ってしまう。この割れた皿は継ぎ合わされてお菊の菩提寺に供養のために納められた。現在、長久寺にお菊の墓とともに六枚の皿が現存している。()