天台宗。山号は松峯山。
近江西国観音霊場第１５番札所、湖国十一面観音霊場第１１番札所、神仏霊場滋賀３番、びわ湖百八霊場第６３番札所（湖東第１０番札所）、近江七福神霊場。
西明寺、百済寺(ひゃくさいじ)とともに湖東三山の一つに数えられる。()

７４１年に聖武天皇の勅願で行基菩薩によって開山された。本尊聖観世音菩薩は行基作といわれる。
この像は行基菩薩が一刀三礼、拝みながら彫刀を進めると、やがて木肌から赤い血が一筋流れ落ち、この時点で観音さまに魂が宿ったとして、菩薩は直ちにその彫刀を折り、粗彫りのまま本尊として安置したという。後の世に「生身(なまみ)の観音さま」と信心されている。()

平安時代初め８５０年に比叡山より慈覚大師が来山、天台密教の道場として以来、延暦寺の末寺、天台宗の大寺院となった。
１１８３年には源義経が義仲を追討せんとして当寺に参籠十数日、武運必勝を祈願し、太刀を寄進した。
鎌倉時代の１２４６年には三重塔が建てられた（現在の塔は昭和の復元大修復のもの）。()

その後の元寇の役には北条時宗が佐々木頼綱に命じ、近江国中の寺社に元軍降伏の祈願を修せしめ、当寺も衆僧をはげまし大祈祷を厳修したところ、元軍は大敗した。
この戦勝記念として建立された雄大な本堂は国宝に指定されている。
１９６４年の東京オリンピックでは日本建造物の代表として文部省が十分の一の精巧な模型を作成し東京国立博物館に展示された。()

１５７３年、百済寺(ひゃくさいじ)が鯰江城を後援したことで織田信長は同寺を焼き払ったが、この時に金剛輪寺も同罪で火をはなたれた。しかし当寺僧侶の機知により、本堂、三重塔、二天門等はその難を免れた。
明治時代初めの廃仏毀釈により、境内山林全て上地の悲運にあい、山内僧侶すべて退山帰俗し、本坊明寿院一坊となる。しかしその後復興し、現在に至る。()