御祭神は大山咋命(おおやまくいのみこと)、天照大神(あまてらすおおみかみ)、住吉大神(すみよしのおおかみ)。
１５７３年７月、荒木村重が織田信長に謁した際、芥川城を陥とした武功を賞されて摂津守に任じられた。その折に古曽部に正倉を創立し、近江国滋賀郡の日吉神社（現在の日吉大社）から分霊を勧請し祭典を執り行った。これが起源といわれる。()

社名はもともと三王権現と称したが、のちに日吉神社と改められ、１８７２年（明治５年）には村社（旧社格）に列せられた。現在の社殿は江戸時代１６１４年１月１１日に再建されたもの。()