高野山真言宗。山号は波上山(はじょうざん)。
南北朝時代の１３６８年に薩摩国坊津の一乗院（明治初年に焼失して現存しない）から真言宗布教のために来琉した頼重法印(らいじゅうほういん)が開山した。当時の琉球国王察度(さっと)の尊信を得て、天下泰平、鎮護国家、五穀豊穣を祈願する勅願寺（密教道場）として現在地に建立された。以来、武寧(ぶねい)王より最後の尚泰(しょうたい)王に至るまで、王が即位する際には家来数百名と共に参詣し、本堂にて君臣の縁結びの盃を取り交わした。また王城では毎年１月８日から７日間、宝祚(ほうそ)延長、万民豊楽の祈願法要が行われ、当時住職以下２０数名が出仕したと伝えられている。()

明治時代の神仏分離令発布まで、隣接する波上宮(なみのうえぐう)の別当寺であったが、現在は仏教、神道それぞれの宗教活動を行っている。第二次大戦で建物や仏像は全て焼失したため、１９４７年（昭和２２年）に仮復興し、１９７５年（昭和５０年）頃に波之上にて主な境内整備を終えた。
境内にはベッテルハイムと仲地紀仁の石碑がある。ベッテルハイムは１８４６年頃、英国海軍伝道局より医師兼宣教師として琉球に派遣された。しかし当時はキリスト教の布教が禁止されていたため、護国寺境内に軟禁されたまま数年間過ごすこととなった。その間、西洋医学（手術法や牛痘接種法等）を仲地紀仁に伝授し、その後来琉したペリーらと共に渡米したとされている。()