御祭神は大鷦鷯尊(おおさざきのみこと)（仁徳天皇）、誉田別命(ほむだわけのみこと)（応神天皇）、足仲彦命(たらしなかつひこのみこと)（仲哀天皇）、気長足姫命(おきながたらしひめのみこと)（神功皇后）、大歳神(おおとしのかみ)、迦具土命(かぐつちのみこと)、大穴牟遅命(おおなむちのみこと)（大国主命）、少彦名命(すくなひこなのみこと)を祀る。()

１１９６年、豊前豊後の守護職になった大友能直が、鎌倉幕府の鎮守鶴岡八幡宮より勧請、創建した。
創建当初は龍ヶ岡（現在の乙原）に鎮座していたが、１３４８年の鶴見山噴火にて社地等が崩壊したので、現在の朝見の地に遷座した。その後１５９８年、別府湾に震災が起こり、本殿や什宝旧記の多くが壊滅したが、１６７０年に社殿が再興され、１６９６年に神殿と楽堂が、１８１４年には拝殿と回廊が造営されている。()

そして、１９２２年（大正１１年）には社殿の大改築が、１９２７年（昭和２年）に斎殿と能楽殿が新築された。
戦後、温泉神社を合祀して、名実ともに別府温泉の総鎮守となった。
境内には、樹齢千年を超える大楠木、夫婦で二本の木の間を通ると結ばれるという夫婦杉、参拝の際にその石を踏むと大変縁起が良いとされる瓢箪石と盃石、健康長寿とされる萬太郎清水などがある。()

温泉神社　かつて旧別府公園（現在の青山幼稚園付近）にあり、１９１９年（大正８年）に別府市朝見にあった長谷神社（大歳神）と山下の愛宕神社（迦具土命）を合併奉祀して創建され、大穴牟遅命(おおなむちのみこと)（大国主命）、少彦名命(すくなひこなのみこと)が合祀されていた。
「伊予風土記」には、少彦名命(すくなひこなのみこと)が伊予で病気になったとき、大国主が別府より湯を引き、湯を浴びせたところたちまち元気になり、その後、道後温泉は温泉が湧き続け、病に悩む人達を救っているという話がある。そして道後温泉の湯は別府があったからだという言葉があるくらい、別府の湯けむりは壮大で古代の人たちにもあこがれの的だったとされる。()