御祭神は素戔嗚尊(すさのおのみこと)、奇稲田姫命(くしなだひめのみこと)、八幡大神(やはたのおおかみ)、大山咋大神(おおやまくいのおおかみ)。
長崎市今籠町に樹齢数百年を数える一老木があった。いつの頃からかこの樹蔭に小石祠を設けて「天王社」と称し、里民の崇敬を集めるようになった。
１６２６年に長崎奉行の許しにより、京都祇園社（現在の八坂神社）の御神霊を合祀し、祇園宮延寿院と称した。()

１６３８年に現在の場所に移転し、１６６７年には東叡山上野寛永寺の末寺となり、天台宗宝樹山現応寺と称した。
１８６８年（明治元年）、明治維新の神仏分離に伴い、祇園社から八坂神社に改称した。
神社にある末社櫻姫美人稲荷は女性に人気のお稲荷様。その名の由来は、狐の出産を手助けした夫婦の元へ、お礼にと夢枕に立ったお姫様の姿に由来するという。お稲荷様といえば普通は商売繁盛がご利益だが、ここでは加えて、お宮参りの女の子が参拝したり、女性が新しい装飾や化粧品を使う前にお参りしたりすると、よいご利益があるという。()