天孫瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)以下三代の神々として高千穂皇神(すめがみ)と三毛入野命(みけいりののみこと)ほかの十社大明神を祀る。
境内には１２世紀末に源頼朝の代参をした畠山重忠手植えの樹齢８００年の秩父杉がある。
高千穂神社は、平安時代の「続日本後紀」や「日本三代実録」に高智保(たかちほ)皇神とみえ、その起源は古く、従五位下を授けられるなど官社に列していた。天慶年間（９３８〜９４７年）に高千穂地方の領主となった大神政次のころから十社大明神と呼ばれるようになり、高千穂八十八社の総社となった。()

御創建は人皇第１１代垂仁(すいにん)天皇の御代と伝えられる。
御祭神は高千穂皇神(すめがみ)として天津彦彦火(あまつひこひこほの)瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)、彦火火出見尊(ひこほほでみのみこと)、鵜葦草葺不合尊(うがやふきあえずのみこと)、木花開耶姫命(このはなさくやひめのみこと)、豊玉姫命(とよたまひめのみこと)、玉依姫命(たまよりひめのみこと)。
十社大明神として三毛入野命(みけいりののみこと)、御子太郎命、二郎命、三郎命、畝見命と鵜目姫命(うめひめのみこと)、照野命、大戸命、霊社命、浅良部命。
合祀神として事勝国勝長狭神(ことかつくにかつながさのみこと)、大年神(おおとしのみこと)、稲飯命(いなひのみこと)、五瀬命(いつせのみこと)、神日本磐余彦命(かむやまといわれひこのみこと)、猿田彦命(さるたひこのみこと)、天鈿女命(あめのうずめのみこと)。()

（中上）夫婦杉　この二本の杉は根元が一つになり別れない形を表しているので、夫婦で手をつないでこの周りを三回まわると、仲睦まじく、家内安全で、子孫は繁昌するといわれている。()

（左上）高千穂神楽　毎日２０時〜２１時に境内の神楽殿で高千穂神楽が奉納される。
３３番の神楽の中から代表的な４番「手力雄の舞」「鈿女の舞」「戸取の舞」「御神体の舞」が公開されている（毎日奉納、予約不可）。
７００円／大人一人。()