高野山真言宗遺迹(ゆいせき)本山。山号は 高雄山。正しくは、神護国祚真言寺(じんごこくそしんごんじ)といい、通称 高雄神護寺と呼ばれる。
仏塔古寺十八尊霊場第７番札所、西国薬師四十九霊場第４４番札所、神仏霊場京都１０番。
本尊は薬師如来。開基は和気清麻呂。()

平安京造営の最高責任者であった和気清麻呂は、７８１年に国家安泰を祈願し河内に神願寺を、またほぼ同じ時期に、愛宕五坊の一つとしてこの地に高雄山寺を創建した。愛宕五坊とは白雲寺、月輪寺、日輪寺、伝法寺、高雄山寺であるが、現在も残っているのは高雄山寺改め神護寺と月輪寺のみである。()

その後、清麻呂が没すると、高雄山寺の境内に清麻呂の墓が祀られ和気氏の菩提寺となるが、清麻呂の子息達は亡父の遺志を継ぎ、最澄、空海を相次いで高雄山寺に招き平安仏教の中心的役割を果たすようになる。()

８２４年、神願寺がこの地に移され、高雄山寺と合併し、寺名を神護国祚真言寺(じんごこくそしんごんじ)（略して神護寺）と改め、一切を空海に付嘱された。
合併の際に多くの霊宝が移されたと考えられるが、現在の神護寺本尊として金堂に安置される薬師如来立像（国宝）は、神願寺の本尊であったともいわれている。()

平安時代に二度の災害のため、堂塔のほとんどを焼失したが、文覚上人がその荒廃を嘆き、１１８４後白河法皇の勅許を得、源頼朝の援助もあって往年以上の復興をみた。
応仁の乱で再び兵火を受け焼失したが、１６２３年の龍厳上人のとき、所司代板倉勝重の奉行によって楼門 、金堂（今の毘沙門堂）、五大堂、鐘楼を再興し、１９３５年（昭和１０年）、山口玄洞居士の寄進で、昭和の名作といわれる金堂、多宝塔などが新築された。()

神護寺の高雄、西明寺の槙尾、高山寺の栂尾を合わせて三尾と呼び、紅葉の名所となっている。()