真言宗智山派。山号は補陀洛山(ふだらくさん)。本尊は十一面観音。
仏塔古寺十八尊霊場第３番札所。
７３５年、聖武天皇が東大寺大盧舎那仏造立平安祈願の為、良弁(ろうべん)僧正に命じて建立させ十一面観音菩薩を安置したのが始まり。当時は藤尾山観音寺と呼ばれた。()

その後、平安時代後期１１３７年に焼失したものの、１２０８年に笠置寺の解脱(げだつ)上人貞慶(じょうけい)が移り住み、海住山寺と名付け、中興した。
この名は、海は観音の誓願の海を表わしてそこに安住する意と、観音の住みかである補陀落は海中にある山であることに因んで付けたと言われる。()

この地は、小倉百人一首に収められた藤原兼輔(かねすけ)（小倉百人一首では中納言兼輔）の歌「みかの原わきて流るゝ泉川、いつみきとてか恋しかるらむ」で知られる恭仁京(くにきょう)があった瓶原(みかのはら)を見下ろす三上山（海住山）中腹に位置する。()

（真中上）五重塔　国宝（鎌倉時代）
貞慶(じょうけい)が舎利を安置するために建立を始め、その没後、継いだ慈心上人覚真のときに（１２１４年）に完成した。
１９６１〜６３年（昭和３６〜３８年）の解体修理にて、五重塔初重の軒下に裳階(もこし)が復元された。なお、五重や三重の多重塔で裳階を付けたものは、江戸時代以前に建立された現存塔 １２５基のうち、本塔のほかには法隆寺五重塔・薬師寺東塔(三重塔)・安楽寺三重塔(長野、13世紀末）の３塔しかない。法隆寺塔と安楽寺塔は本塔と同じく初重にだけ裳階が付けられているが、薬師寺塔では各重に付けられている。()