臨済宗単立の尼門跡(あまもんぜき)寺院。山号は西山(せいざん)。通称「人形の寺」、「百々御所(どどのごしょ)」とも呼ばれる。神仏霊場京都１７番。
東側に架けられた「百々橋」には、応仁の乱で西軍の山名宗全と東軍の細川勝元がにらみ合って戦った故事がある。東に茶道の表千家・不審庵(ふしんあん)と裏千家・今日庵(こんにちあん)が隣接する。
開山は景愛寺(けいあいじ)第六世であった光厳天皇皇女華林宮惠厳(かりんのみやえごん)禅尼であり、応安年間（１３６８〜７５）に御所に祀られていたこの聖観世音菩薩像を景愛寺の支院であった建福尼寺に奉納安置して、名前を改め開山したのが始まりである。この観音像は、伊勢の二見ヶ浦で魚網にかかったものと伝えられ、膝の上に小さな「宝鏡」を持っていることから宝鏡寺の寺名ともなる。
１６４４年、後水尾天皇の皇女理昌尼王が住持となって以後、相次いで天皇皇女が入寺し、再び朝廷とのゆかり深い尼門跡となる。

寺宝には孝明天皇遺愛の人形や遊戯具を多く伝える。「人形の寺」の別称はこのゆかり。
徳川家茂に降嫁した仁孝天皇の皇女和宮も幼少の頃に住まいし、その遺品が伝えられる。これら所蔵の人形を中心に「宝鏡寺人形展」が春秋に一般公開される。毎年１０月１４日には「人形供養祭」がある。