御祭神は大己貴命(おおなむちのみこと)。創建、由緒は不明。
１５８６年１０月豊臣秀吉の方広寺大仏殿建立に伴い、移転したと伝えられる。
京の豪商下村家（大丸百貨店の前身である大文字屋の創業家）は、当社を崇敬すること篤く、１７３８年以降、数度にわたって社殿の修復を行ってきた。現在の社殿も下村家の援助により、１８３９年から翌年にかけて造営されたものである。()

本殿は、「北山貴船奥院御社」旧殿を移建、一部改築したもので、その前に幣殿、拝所、東西廊が並び、これらの建物がそれぞれ屋根を錯綜させている。また各社殿に施された豊富な彫刻装飾は、京都市内では珍しい。特に拝殿の天井には、江戸時代後期の彫刻家・九山新太郎作の全長８ｍに及ぶ龍の彫刻がある。()