もとは浄土宗知恩院に属したが、現在は浄土教系の単立寺院。山号は龍池山。
１５８７年正親町天皇の勅命により、織田信長・信忠の菩提を弔うため、開山貞安上人に御池御所（烏丸二条南）を賜り、信忠の法名大雲院殿三品羽林仙巌大居士に因んで、大雲院と名付け、織田父子の碑を建て追善供養した。()

その後、豊臣秀吉は寺域の狭隘なるをみて、１５９０年寺町四条に移し、同年後陽成天皇より勅願寺の綸旨を給い、大雲院の三字を親書され、その勅額は本堂にかけられている。以来その地に伽藍を擁していたが、その周辺は商業繁華の中心となったため、当地祗園閣のある真葛ヶ原の勝域に移転され、１９７３年（昭和４８年）４月本堂が落成した。()

（左上）鐘楼　豊臣秀頼が北野神社に寄進した鐘楼、祗園感神院（現・八坂神社）にあった室町時代１４９０年在銘の梵鐘は、ともに維新後の神仏分離によって両社で無用とされていたものを、１８７０年（明治３年）、島津家（宮崎県）が佐土原藩士の菩提を弔うため大雲院に寄進したものである。()

（真中上）祗園閣（登録有形文化財）　この地は元財閥大倉喜八郎男爵の別荘で、１９２８年（昭和３年）御大典記念に祇園祭の壮観を常に披露したいと希って山鉾を模した祗園閣を建てたといわれている。鉄筋コンクリート造三階建で高さ３６ｍ、鉾先には金鶴が輝いている。
１９７３年（昭和４８年）この地への寺地移転を機に一階正面に阿弥陀如来像を安置した。
１９８８年（昭和６３年）秋開創４００年を記念して内部壁面に葛 新民(かつ しんみん)（中国安徽省・巣湖書画研究会副会長）の筆による敦煌の壁画の模写が完成し、当院に奉納された。観無量寿経変想図、釈迦説法図、千手観音図等が描かれている。()