平安時代初期の８０６年（大同元年）９月９日重陽の日に創建。
鎌倉時代初期から明治維新までの約７００年間は、相良(さがら)氏の一元的な支配と保護を受けた。()

御祭神は、健磐龍命(たけいわたつのみこと)（神武天皇の孫）、阿蘇都媛命(あそつひめのみこと)（健磐龍命(たけいわたつのみこと)の妃）、國造速甕玉命(くにのみやつこはやみかたまのみこと)（健磐龍命(たけいわたつのみこと)の子）の三神を祀る。これら三神は、阿蘇神社の御祭神十二神のうちの三神で、御分霊が祀られている。()

境内のほぼ中央、北側から南側に一直線に配置された本殿・廊・幣殿・拝殿・楼門の一連の社殿は、２００８年（平成２０年）６月９日に国宝に指定されている。これらは相良第２０代当主で、肥後人吉藩初代藩主の頼房(よりふさ)（長毎(ながつね)）と重臣・相良清兵衛の発起により、１６１０年（慶長１５年）から３年かけ造営されたもの。()

（左上）楼門　高さ１２ｍある禅宗様式と桃山様式が調和した建造物で、上層軒先の四隅にはめ込まれた陰陽一対の鬼面は人吉様式と呼ばれ、全国に類例がないとされている。()