黄檗宗。山号は有馬山。本尊は薬師如来。
宗派はもと真言宗。通称は温泉寺と呼ばれる。
奈良時代７２４年に僧行基が開基、鎌倉時代に仁西上人が再興、桃山時代に北の政所が復興、そして元禄時代に禅宗黄檗派になる。()

明治維新の神仏分離以後は衰微し、秀吉が有馬大茶会を催したとされる阿弥陀堂も含め、薬師堂以外の堂塔は全て取り壊された。その後は旧温泉寺の奥の院であった黄檗宗清涼院が寺籍を継いで現代に至る。
波夷羅(はいら)大将立像や黒漆厨子(くろうるしずし)（いずれも重要文化財）など多くの寺宝が所蔵されている。()