天台宗。山号は宝積山(ほうしゃくざん)。兵庫大仏として知られる。新西国霊場第２３番、福原西国観音霊場第３２番札所。
８０５年桓武天皇の勅命を受けて支那に留学した伝教大師最澄は、その帰途、兵庫和田岬に上陸したところ、庶民は大いに大師を歓待し、堂宇を建立して教化を請うた。大師は自作の薬師如来像を御堂に安置して国の安泰、庶民の幸福を祈願して自ら能福護国密寺とした。()

１１８０年平清盛が福原遷都の時、平家一門の帰依によって七堂伽藍を完備して大いに隆盛したが、平家滅亡の後、１３４１年兵火により全焼し、その後１５９９年明智光秀の臣長盛法印が堂宇を再建した。
本朝編年集に、「仁安３年（１１６８年）１１月、平清盛、能福寺に於て剃髪入道す。養和元年（１１８１年）２月４日京・西八条に於て薨去(こうきょ)。歳６４。翌日火葬とし、円実法眼（当時の住職）全骨を福原に持ち来り、能福寺の東北に埋る。」とあることから、境内には墓所平相国廟がある。()

１８９１年（明治２４年）５月兵庫の豪商南条荘兵衛が青銅製毘廬舎那仏(びるしゃなぶつ)を建立、奈良、鎌倉と共に日本三大仏に数えられる。しかし第二次世界大戦の金属回収の際、１９４４年（昭和１９年）５月解体供出、翌年３月神戸大空襲により再度七堂伽藍を全焼した。
現在の本堂は、京都東山の月輪御陵にあった拝殿「月輪影殿」を１９５４年（昭和２９年）九条家より拝領移築したもので歴代天皇の参拝された由緒ある建物である。また大仏尊像は１９９１年（平成３年）５月に再建されたもの。
京都五箇所門跡の一つである青蓮院門跡の旧院家(いんげ)でもある。()