御祭神は菅原道真公。
創建は１６２０年、二代藩主井伊直孝が上野(こうずけ)国北野寺（群馬県安中市）の鎮守社である天満宮の分霊を勧請したのが始まりと伝えられている。初代直政は上野箕輪城主の頃より、領内にあった北野寺を深く帰依していたとされる。()

二代藩主直孝は長男直勝の異母弟として生まれたため、現在の群馬県安中市下後閑にある威徳山北野寺に預けられて、そこで育てられた。その境内には菅原道真を祀る天満宮があり学問の神様として信仰し、１１歳の時に神社の左右に檜、杉の苗木を植え、立身出世等を祈願した。()

その後、大坂冬の陣、夏の陣にて大きな手柄を立て、１６１４年に彦根城主に任ぜられ家督を継いだ。そして幼い頃過ごした天満宮の分霊を彦根寺の境内に遷して、社殿を建立、井伊家の守り神、彦根城守護の神社とした。以来歴代藩主から庇護された。
隣接する北野寺とは神仏習合の形態をとっていたが明治初頭に発令された神仏分離令により神社として独立した。()