真言宗豊山派。山号は金亀山(こんきざん)。
近江西国観音霊場第１４番札所、びわ湖百八霊場第５８番札所（湖東第５番札所）。()

７２０年に元正(げんしょう)天皇の勅願により藤原房前(ふささき)（藤原鎌足の孫）が彦根山（現在の彦根城の地）に彦根寺（石上寺という情報もある。）として開創したと伝えられる。開基は護命(ごみょう)上人と伝える。
１６０３年、彦根城築城の際、現在地に移された。（そしてこのときに寺号を彦根寺と改称されたかも知れない。）()

金亀山の由来はご本尊が金の亀に乗っている観音さまから付けられたと言われる。
１６２０年、二代藩主井伊直孝が上野(こうずけ)国北野寺（群馬県安中市）の鎮守社である天満宮の分霊を勧請し、北野神社を創建した際 、彦根寺も北野寺と改称し井伊家の祈願寺、また北野神社の別当寺とした。
境内の行者堂には「江州彦根寺　応永十七年」の墨書銘のある木造役行者像（市指定文化財）を安置する。()