御祭神は菅原道真公(すがはらのみちざねこう)。相殿に大国主命(おおくにぬしのみこと)、事代主命(ことしろぬしのみこと)、少彦名命(すくなひこなのみこと)（元 中の天神 主神）を祀る。
もと福島には上(かみ)の天神、中(なか)の天神、下(しも)の天神と三つの天神があった。上の天神と称された当天満宮上之社(てんまんぐうかみのやしろ)は、社殿が戦災に遭った天満宮中之社（中の天神）を合祀して、福島天満宮と改称して今日に至る。中の天神跡地は当社の行宮として飛地境内地となっている。
菅公聖蹟(かんこうせいせき)二十五拝第１２番。()

菅原道真公の家筋は代々学問をもって仕えたが、道真公は特に才能が優れて、朝廷の厚い信任を得て政界にも重用され、８９９年には、皇室の外戚として権勢並びなき藤原氏一門の間に入り右大臣にまで登った。そこで藤原氏一門の激しい反目のもと、左大臣藤原時平の讒言により九州太宰府の権帥(ごんのそち)（副長官）に左遷された。
９０１年京都を出発した道真公は淀川より舟路西を目指す。現在の福島は大阪湾より海路を目指す船旅の風待ちの場所であった。九州下向の失意の道真公を丁重に迎えた土地の徳次郎なる者の心からのもてなしに非常に喜んだ道真公は布に自らの姿を描き与えた。この自画像が当社の御神体になっている。その二年後、道真公の訃報を聞き、９０７年１１月１５日小祠を設け公を祀った。これが当社の起こりである。したがって天暦年間の創始とされる京都北野天満宮や大阪天満宮より約４０年ほどさかのぼる。翌年には相殿神として大国主命(おおくにぬしのみこと)、事代主命(ことしろぬしのみこと)が祀られ、秋には盛大な神事が行なわれ、以後毎年の秋祭の始めとされる。()