御祭神は彦火火出見命(ひこほほでみのみこと)（山幸彦）、豊玉姫命(とよたまひめのみこと)、景行天皇(けいこうてんのう)。
創建は不詳。
「日本書紀」神代巻下に鹿葦津姫(かあしつひめ)（木花開耶姫(このはなさくやひめ)）御出産の折り、御子彦火火出見命(ひこほほでみのみこと)のへその緒を切って捨てた竹刀が後に竹林となり、その地を竹屋(たかや)と名付けたとあり、社名の由来という。これに因み安産子育の神と崇められてきた。()

第１２代景行天皇の熊襲御親征の際、当地に行宮「高屋宮」を建て、６年間御駐輦されたと「日本書紀」巻第７に記されている。武内宿禰が山稜聖跡である当地を選んだもので、約１９００年前から皇神を崇め祀り、社殿が創建されたものと考えられる。仁明天皇嘉祥２年（８４９年）の当社旧社家系図に神官就任の記録があり、古代における祭礼の執行を証している。
平安末期には宇佐八幡宮の領として村角別府が成立し、当社も永く高屋八幡宮と称していたが、江戸時代中期宝暦年間（１７５１〜１７６４年）の頃には高屋宮と称し、明治時代になって現社名となった。()

高屋山上陵(たかやのやまのうえのみささぎ)
社殿西方の古墳は、彦火火出見命(ひこほほでみのみこと)の陵墓「高屋山上陵(たかやのやまのうえのみささぎ)」の伝承地の一つとされている。()