ご祭神は天照皇大神(あまてらしますすめおほみかみ)（伊勢神宮内宮の祭神）、豊受大神(とようけのおほかみ)（伊勢神宮外宮の祭神）を１８７３年（明治６年）７月に奉迎し、相殿に諾冊二神（伊弉諾尊(いざなぎのみこと)、伊弉冊尊(いざなみのみこと)）、八柱大神（神皇産霊神(かみむすびのかみ)、高皇産霊神(たかみむすびのかみ)、 魂留産霊(たまつめむすび)、生産霊(いくむすび)、足産霊(たるむすび)、大宮売神(おほみやのめのかみ)、御膳神(みけつかみ)、事代主神(ことしろぬしのかみ)）、大地主神(おほとこぬしのかみ)、倭比売命(やまとひめのみこと)を祀る。
１８７５年（明治８年）社殿を建立、１８８１年（明治１４年）に神宮遥拝所の創建、神風講社を設立。戦後には「京都大神宮」となった。()

本殿は一条家の玄関及び書院を移築したもの。また手水舎(てみずや)の水盤は太閤秀吉公で名高い伏見城にあったものが寄進、移築されたものと伝わる。
神前結婚は１９００年（明治３３年）に後の大正天皇である当時の皇太子殿下と九条節子姫の成婚に始まる。東京大神宮とともに祭式を吟味し、挙行したのが今日に繋がっている。()