昔は綾戸宮と國中宮の二社であったが、現在では合祀され、左に綾戸宮が、右に國中宮が鎮座されている。
御祭神 は、綾戸宮：大綾津日神(おおあやつひのかみ)・大直日神(おおなおびのかみ)・神直日神(かむなおびのかみ)、國中宮：素盞鳴尊(すさのおのみこと)。
乙訓鎮座神社巡りのひとつ。()

５２１年に大堰川(おおいがわ)（桂川）七瀬の祓神として大井社と称し創建、９６５年に綾戸社と改称された。
國中社は山城國乙訓郡訓世村（現南区久世上久世町）がまだ一面湖水の時、素盞鳴尊(すさのおのみこと)が天から降り給い、水を切り流し、土地を開き、広々とした平野とされた。そして尊の愛馬天幸駒の頭を自ら彫刻して授けた。これが國中社の御神体であり、もとは蔵王の杜（現光福寺蔵王堂）に社地があって中世には牛頭天皇社とも呼ばれていた。()

戦国時代、國中社が綾戸社の境内に移され、以来綾戸國中神社(あやとくなかじんじゃ)と称するようになった。
社殿は昔は西向きの二社殿であったが１９３４年（昭和９年）の室戸台風によって倒壊したため、そこから北の場所に神社本来である南向きの一社殿二扉の本殿と拝所を１９３６年（昭和１１年）秋に再建、その後、拝殿・神饌所が造営され神社としての形態を整えた。しかし、１９６４年（昭和３９年）に東海道新幹線の開通のため社殿等を東に移転し現在の形態となった。()

日本三大祭のひとつである祇園祭の久世駒形稚児は、当社の氏子や関係者から選ばれる。
久世駒形稚児は、７月１７日の神幸祭と７月２４日還幸祭の神輿渡御で、素盞鳴尊(すさのおのみこと)を祀る神輿の中御座の行列に伴って廻る稚児をいう。八坂神社のご祭神が、素盞鳴尊(すさのおのみこと)の和御魂(にぎみたま)（神の優しい側面）で、綾戸國中神社(あやとくなかじんじゃ)のご祭神が、八坂神社と同一神の荒御魂(あらみたま)（同じ神の荒々しい側面）といわれている。
通常、神社の御神体は「三種の神器（勾玉・剣・鏡）」が殆どだが、綾戸國中神社(あやとくなかじんじゃ)の御神体は「駒形（馬の首の彫り物）」。久世駒形稚児は胸にその形代(かたしろ)をかけるので、神の化身とみなされ、長刀鉾稚児や皇族でも乗り物から降りなければならない八坂神社の境内にも馬に乗ったままで入れ、直接本殿に乗り付けることができる。八坂神社の和御魂(にぎみたま)に綾戸國中神社(あやとくなかじんじゃ)の荒御魂(あらみたま)が来て、両者が合体してはじめて祇園祭が成立するともいわれている。()