宇佐神宮（大分県宇佐市にある八幡宮の総本宮）から八幡大神を勧請したのが始まりと伝えられ、誉田別尊（応神天皇）(ほんだわけのみこと（おうじんてんのう）)、比賣大神(ひめおほかみ)、息長帯姫命（神功皇后）(おきながたらしひめのみこと（じんぐうこうごう）)を祭神とする。
もとの名を「内野八幡宮」といい、平安京の大内裏（皇居や官庁があった場所）の北東に位置したため王城鎮護の神とされた。()

かって、この地には奥州（東北地方）で産出される金を商うことを生業としていた金売吉次の屋敷があったと伝えられ、源義経（牛若丸）は奥州平泉に赴く前に、吉次の助けを得て、ここで道中の安全を祈願して出発したといわれている。「首途」(かどで)とは「出発」を意味し、この由緒により「首途(かどで)八幡宮」と呼ばれるようになった。このことから、特に旅立ち、旅行安全の神として信仰を集めている。()