御祭神は
・健軍大神［健緒組命(たけおぐみのみこと)］（火国造の祖・阿蘇大神５世の孫・阿蘇大神叔父）
・天之御中主神(あめのみなかぬしのかみ)（造化三神・別天津神）
・仲津彦神(なかつひこのかみ)
・仲津姫神(なかつひめのかみ)
・阿蘇大神［健磐龍命(たけいわたつのみこと)］（神八井耳命(かんやいみみのみこと)の子・神武天皇の孫）
・阿蘇津姫命(あそつひめのみこと)（健磐龍命(たけいわたつのみこと)の妃） 　
・神渟名川耳命(かむぬなかはみみのみこと)（綏靖(すいぜい)天皇・神沼河耳命・神武天皇の子）、
・日子八井命(ひこやいのみこと)（草部吉見神(くさかべよしみのかみ)・國龍命・神武天皇の子）、
・國造速瓶玉命(くにのみやつこはやみかたまのみこと)（健磐龍命(たけいわたつのみこと)の子）、
・比�東芬q命(ひめみこのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の妃）、
・彦御子命(ひこみこのみこと)（速瓶玉命(はやみかたまのみこと)の子） 　
・若比�当ｽ(わかひめのみこと)（彦御子命(ひこみこのみこと)の妃）、
・新彦命(にひひこのみこと)（日子八井命(ひこやいのみこと)の子）、
・新比�当ｽ(にひひめのかみ)（新彦命(にひひこのみこと)の娘）、
・若彦命(わかひこのみこと)（新彦命(にひひこのみこと)の子・新比�当ｽ(にひひめのかみ)の弟）、
・彌比�当ｽ(やひめのみこと)（新彦命(にひひこのみこと)の妃）
古来この地には、健緒組命(たけおぐみのみこと)・天之御中主神(あめのみなかぬしのかみ)・仲津彦神(なかつひこのかみ)・仲津姫神(なかつひめのかみ)が祀られていたが、５５８年に阿蘇神社の大宮司に神託があり、同神社を勧請して、異賊鎮退のため西に向けて社を建て社号を「健軍(たけみや)」と称した。そして、昭和以降になって「たけみや」が「けんぐん」と読まれるようになった。()

社伝によれば、５５８年１２月１３日に阿蘇大明神を崇敬していた肥後の国司藤原法昌は、阿蘇神社参詣の折り、大雪が道路を塞いで進退出来ず、暫くこの地の椎の樹の下に野陣を張って雪が晴れるのを待った。
国司は、阿蘇宮を遥拝して、心底、阿蘇大神をここに勧請すれば、老人や病弱者又子供達がいつでも参拝できるのだがと祈念していると、３歳ぐらいの童子が突然石の上に現れ、国司に向かい「汝、阿蘇大神を尊信し、二心なく厳寒積雪を苦ともせず、遠途の労を憐み大神を此の地に勧請すべく、然るに阿蘇宮は皇城鎮護の為東に向かい、当社は夷賊新羅鎮退のため西に向かい、健軍と号すべし。汝に託す。吾阿蘇大神也」と宜り終えて姿を消した。国司は多いに驚き、朝廷に奏上して直ちに社殿を創建して、阿蘇大神の荒霊を鎮祭し健軍神社と号したという。()

当社は、阿蘇神社（阿蘇市）、甲佐神社（上益城郡甲佐町）、郡浦神社（宇城市）と共に「阿蘇四社」と称せられ、熊本市内で最古の神社と伝わる。()