天台宗。山号は阿蘇山。本尊は十一面観世音菩薩。
九州西国霊場第１３番札所、九州四十九院薬師霊場第３０番札所。
７２６年に天竺から来朝した最栄読師が、阿蘇山に登り火口の阿蘇明神に対面しながら十一面観音を自ら刻んで安置したことに始まるという。寺号の由来は、火口の西の洞窟（巌殿）に本尊を安置したので、人々はそこを西の巌殿の寺と呼び崇めたからである。()

平安時代後期の最盛期には３６坊５２庵が建ち、英彦山・宇佐・国東と並ぶ九州山岳宗教の一大拠点へと発展した。ここで言う「坊」とは僧侶自身と彼らの居住する坊舎をいい、これらが集まった場所であることから「坊中」という地名が生まれた。江戸時代には、山上の本堂跡界隈を「古坊中」、現在の本堂界隈を「麓坊中」と呼び分けるようになった。
天正年間（１５７３〜９２）には、豊後の大友氏と薩摩の島津氏の確執が激しくなり、その争いの余波が阿蘇山一帯にも及んだ。阿蘇神社の大宮司であり阿蘇地方を治める戦国武将でもあった阿蘇氏は、大友氏の支配下に入っていたことから島津軍の攻撃に遭い、西巌殿寺のある古坊中も阿蘇氏の庇護下にあったことから、山上の寺院群がすべて焼き払われたと伝えられる。()

そして１６０１年、肥後の統治を託された加藤清正は本堂を修復し、３６坊を麓の黒川村に移築し再興した。細川家入国後もその志が引き継がれ、代々崇敬を維持されたが、明治維新に至り、学頭坊跡に西巌殿寺一寺を残し、他の庵は還俗するとともに廃寺となった。
１８７１年（明治４年）山上本堂が麓に移されたが、現在の山上阿蘇神社の地が山上本堂の跡地である。１８９０年（明治２３年）、古跡復古の運動が起こり、有志一同により御堂が建立され阿蘇山本堂西巌殿寺奥之院として再建された。()